Um acordo de armas fracassado revela que os planos do governo de remover o plutônio do local de escavação de Shinjuku (“ESCAVAÇÃO”) por via marítima foram comprometidos. A Seção 9 é chamada para levar o Plutônio do Velho Tōkyō por terra.
Os membros da Seção 9 não estão felizes em serem usados pelo governo. Batou está especialmente irritado, pois a Seção 9 deve ser uma organização ofensiva. Sua paciência será tentada ainda mais quando ele e a Seção 9 descobrirem quem os acompanhará em sua missão …