Ghost in the Shell: Stand Alone Complex 2nd GIG – Após o encerramento do caso “Laughing Man”, a Seção 9 é restabelecida pelo recém-eleito primeiro-ministro do Japão, Youko Kayabuki, para combater a ameaça persistente de ciberterrorismo. Um grupo que se autodenomina “Os Onze Individuais” começou a cometer atos de terror por todo o Japão. Enquanto Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou e os outros membros da Seção 9 investigam essa nova ameaça, o governo japonês enfrenta uma crise separada, enquanto refugiados estrangeiros deslocados pela Terceira Guerra Mundial buscam asilo no Japão. Mas, quando os membros da equipe de operações especiais encontram Gouda Kazundo – um membro líder do Serviço de Inteligência do Gabinete – em sua caçada, eles começam a suspeitar que ele possa estar envolvido.