Para o desgosto de Batou, Motoko e o resto da equipe, Kuze e os refugiados conseguem escapar em um dos barcos camuflados. Eles são ainda mais prejudicados quando uma explosão causa grandes perdas, deixando-os incapazes de seguir o barco em fuga.
Reagrupando, a equipe decide reorientar a investigação para os eventos que cercam Kuze. Eles iniciam uma investigação secreta na Sagawa Electronics, a empresa responsável pela transação de material nuclear, e descobrem que Gouda estava envolvido. Enquanto isso, enquanto o barco se dirige para Dejima, Kuze faz sua própria descoberta perturbadora.