Apesar do exame minucioso das autoridades, os refugiados de Dejima declaram sua independência. Suspeita-se que Kuze seja o mentor por trás dessa nova resistência e a Seção 9 é enviada para detê-lo.
O Major invade o centro de refugiados cibernéticos e localiza Kuze com facilidade. Quando a equipe corre para capturá-lo, no entanto, eles se encontram no meio de uma armadilha.