Os eventos começam a mudar para overdrive após os eventos de “ERASER”. Enquanto as coisas parecem estar indo na direção da Seção 9, as pessoas nas sombras estão começando a aparecer.
Quando Motoko, acompanhada por sua amiga Kurutan, chega ao hospital para mudar para um novo corpo protético, Togusa inicia o processo de recuperação após ser ferido pelo esquadrão NARC do DEA. No entanto, as pessoas ainda ativas no esquadrão da NARC têm mais algumas surpresas reservadas.