Takashi Natsume pode ver youkai, o que outras pessoas não podem. Ele herdou um caderno com os nomes de youkai derrotado por sua avó, Reiko, mas ele deseja devolvê-los com a ajuda de seu autoproclamado guarda-costas, Nyanko-sensei. Natsume conhece Yuki, um antigo colega de classe, lembrando a amargura de sua amizade temporária. Ele também conheceu Yorie Tsumura, que fazia parte das memórias de um youkai cujo nome ele retornou. Atualmente, ela mora com o filho Mukuo.
No entanto, youkai misteriosos estão à espreita na cidade em que vivem. Depois de voltar para casa, uma semente demoníaca que chegou a Nyanko-sensei de lá cresceu durante a noite em uma árvore no jardim da família de Fujiwara e deu três frutos. Depois que Nyanko-sensei os comeu, ele se dividiu em três pequenos Nyanko-sensei. Natsume deve retornar à cidade e tentar aprender o que aconteceu.