.Hack//SIGN – Um jovem mestre das ondas, conhecido apenas pelo pseudônimo de Tsukasa, acorda em um MMORPG chamado The World, com ligeira amnésia. Ele não sabe o que fez anteriormente antes de acordar. No mundo, os Cavaleiros Carmesins suspeitam que ele seja um hacker, pois ele foi visto acompanhando um personagem em forma de gato. Incapaz de sair do jogo, ele fica procurando respostas, evitando os cavaleiros e outros jogadores que encontra pelo caminho.
Enquanto Tsukasa explora O Mundo, ele se depara com um item mágico que assume a forma de um “guardião”, que lhe promete proteção contra todos os danos. Subaru, o líder dos Cavaleiros Carmesins, junto com vários outros jogadores que se familiarizaram com Tsukasa, partiu para investigar por que Tsukasa é incapaz de sair e tentar chegar ao fundo do problema antes que ele fique fora de controle.